Институт является правопреемником Центрального научно-исследовательского, проектно-технологического и конструкторского института механизации льноводства с опытным производством.
Согласно совместному приказу Минсельхозпрода России и Россельхозакадемии от 7 апреля 1998 года № 181/46 институт передан в ведение Россельхозакадемии и стал именоваться - Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский и проектно-технологический институт механизации льноводства Российской академии сельскохозяйственных наук (сокращенное наименование — ГНУ ВНИПТИМЛ Россельхозакадемии).
В 2008 году без образования юридического лица к институту присоединен в качестве структурного подразделения Всероссийский научно-исследовательский институт лубяных культур.
В 2010 году в соответствии с Постановлением Президиума Россельхозакадемии институт переименован в Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский институт механизации льноводства Российской академии сельскохозяйственных наук (сокращенное наименование — ГНУ ВНИИМЛ Россельхозакадемии).
В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г.
№ 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р Институт передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России). В 2014 году переименован в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение«Всероссийский научно-исследовательский институт механизации льноводства» (сокращенное наименование — ФГБНУ ВНИИМЛ)
ОСНОВНЫЕ ВИДЫ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЦЕНТРА
Проведение фундаментальных и приоритетных прикладных научных исследований, опытно-конструкторских работ, внедрение достижений науки и передового опыта, направленных на получение новых знаний в сфере льноводства и коноплеводства, способствующих их технологическому, техническому, экономическому и социальному развитию; научное обеспечение развития комплексной механизации и автоматизации производства и глубокой переработки льна-долгунца, масличного льна и конопли в продукцию для текстильной, строительной, химической, оборонной и пищевой промышленности, организаций технического сервиса и эффективного использования техники на основе фундаментальных и приоритетных прикладных исследований и конструкторских разработок, направленных на ускорение научно-технического прогресса в льняном агропромышленном комплексе РФ.
В своей деятельности Центр руководствуется следующими целями: всемерному содействию развитию науки в области льноводства и коноплеводства; развитию и укреплению связей между наукой и производством в области производства и переработки лубяных культур; участию в инновационной деятельности, реализации достижений научной, технологической и технической деятельности; изданию научных трудов, материалов конференций, монографий, книг, методических указаний и рекомендаций, другой научно-технологической и технической продукции; оказание научно-консультационных услуг.
